蛋(dan)白質(zhi)相互(hu)作用(yong)是指兩個或(huo)兩個以上蛋(dan)白質(zhi)分子(zi)通過非共價鍵形成(cheng)蛋(dan)白質(zhi)復合物的(de)過程(cheng)。如復制、轉錄、翻譯、細(xi)胞周期調控、物質(zhi)代謝等。
常(chang)見的研究方法有：
酵母雙雜交技術、免疫共沉淀(dian)、親和層析、細胞內共定位分析。
以(yi)下是(shi)對免疫共沉淀(dian)技術(shu)（co-immunoprecipitation,co-IP）進行總結，co-IP常用來檢(jian)測兩種蛋白質在(zai)體內是(shi)否結合。
基(ji)本(ben)原理(li)：
在(zai)bao證兩種蛋(dan)(dan)白(bai)(bai)質相互(hu)作用的條(tiao)件下，收集并裂解(jie)細胞。在(zai)細胞裂解(jie)液中(zhong)加入(ru)某一種已(yi)(yi)知蛋(dan)(dan)白(bai)(bai)的特異(yi)性抗(kang)(kang)體(ti)，孵(fu)育后再加入(ru)可(ke)(ke)與特異(yi)性抗(kang)(kang)體(ti)結合(he)的蛋(dan)(dan)白(bai)(bai)A/G-瓊脂(zhi)糖珠（或磁(ci)珠）沉(chen)淀(dian)收獲抗(kang)(kang)原(yuan)抗(kang)(kang)體(ti)復合(he)物(wu)(wu)，若細胞中(zhong)存在(zai)與已(yi)(yi)知蛋(dan)(dan)白(bai)(bai)結合(he)的目(mu)標蛋(dan)(dan)白(bai)(bai)，則可(ke)(ke)被磁(ci)珠沉(chen)淀(dian)下倆(lia)，形成(cheng)“目(mu)標蛋(dan)(dan)白(bai)(bai)-已(yi)(yi)知蛋(dan)(dan)白(bai)(bai)-抗(kang)(kang)已(yi)(yi)知蛋(dan)(dan)白(bai)(bai)抗(kang)(kang)體(ti)-磁(ci)珠”復合(he)物(wu)(wu)。經SDS-PAGE后，復合(he)物(wu)(wu)可(ke)(ke)被分離，再經免疫印跡或質譜鑒定出目(mu)標蛋(dan)(dan)白(bai)(bai)。
優勢：
① 得到的蛋白質相互作用是在細胞內天然形成的，反映的是細胞的生理(li)狀態；
② 可以分離得到天然(ran)狀態的蛋白質(zhi)復合物。
劣勢：
① 可(ke)能(neng)檢測不到(dao)低(di)親和力的瞬時蛋(dan)白質-蛋(dan)白質相互作用(yong)；
② 不能證明兩種蛋白質(zhi)的直接(jie)結(jie)合，其他分(fen)子可能起到橋梁作用；
③ 依賴于(yu)高(gao)質量的(de)、可用于(yu)免疫沉淀的(de)特異性抗體。
不(bu)同類型(xing)的(de)免疫共沉淀技術
1、二(er)次免疫(yi)共沉淀技術：用(yong)來(lai)檢測細胞(bao)(bao)內三種蛋(dan)(dan)白(bai)質間的(de)相互作用(yong)，若(ruo)要證(zheng)明X、Y、Z三種蛋(dan)(dan)白(bai)質間是(shi)否以(yi)復(fu)(fu)合物(wu)形式(shi)存在，先(xian)在細胞(bao)(bao)裂解液中(zhong)加入(ru)抗(kang)(kang)X蛋(dan)(dan)白(bai)質抗(kang)(kang)體，免疫(yi)沉淀獲得(de)抗(kang)(kang)原抗(kang)(kang)體復(fu)(fu)合物(wu)，經過非變性洗脫后，向此復(fu)(fu)合物(wu)溶液中(zhong)加入(ru)抗(kang)(kang)蛋(dan)(dan)白(bai)質Y的(de)抗(kang)(kang)體，再收集(ji)免疫(yi)復(fu)(fu)合物(wu)進行SDS-PAGE分析。
2、蛋白質降(jiang)解抑制-免(mian)疫共沉淀：若兩種(zhong)蛋白質結合后，其中一(yi)種(zhong)會降(jiang)解，則(ze)會影響IP實驗結果，故需要抑制細(xi)胞(bao)內蛋白質降(jiang)解。
① 對(dui)于通過(guo)溶酶體(ti)途徑降解的蛋(dan)白(bai)質(zhi)，可(ke)以(yi)加入NH4Cl或氯喹改(gai)變細(xi)胞內酸性環境，抑(yi)制這類蛋(dan)白(bai)質(zhi)降解。
② 對(dui)于通過泛素(su)-蛋(dan)白(bai)酶體(ti)途徑降解的蛋(dan)白(bai)質，可用MG132抑制，該(gai)試劑對(dui)細胞有(you)毒性，故作用時(shi)間不(bu)能太久。
3、核(he)(he)質(zhi)(zhi)分離(li)-免(mian)疫共沉淀(dian)：體內的許多蛋(dan)白質(zhi)(zhi)是在細(xi)胞(bao)質(zhi)(zhi)和(he)細(xi)胞(bao)核(he)(he)之間穿梭的，研究時有(you)時會出現(xian)時空(kong)問題。故(gu)先利(li)用核(he)(he)質(zhi)(zhi)分離(li)技術得(de)到細(xi)胞(bao)核(he)(he)或細(xi)胞(bao)質(zhi)(zhi)完(wan)整的組分。
4、交聯免疫共沉淀：能(neng)夠使(shi)已經結(jie)合(he)在(zai)一起的(de)蛋白(bai)質更加(jia)穩(wen)定。避免結(jie)合(he)能(neng)力弱或瞬時(shi)結(jie)合(he)的(de)蛋白(bai)質在(zai)實(shi)驗過程中(zhong)降解(jie)。
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